土浦市の単位人口当たりの犯罪件数は茨城県内で最も多いが、防犯組織も県内で最も多い。中でも、自転車の盗難や車上狙いなどの窃盗の件数が際立って多い。近年では犯罪数が減少傾向にある。

防災に関しては土浦地域防災計画が定められ、震災時に市役所と避難所となる小中学校やライフライン施設などの防災関係機関を結ぶ土浦市地域防災無線が整備されている。また、土浦市総合防災訓練を行ったり、障害者向け防災マニュアル「防災の手引き」を土浦市内の障害者手帳を持つ4439世帯に郵送で配布したりするなど、防災に対して積極的に取り組んでいる姿勢が見られる。