土浦市には日本第２位の湖の面積を誇る霞ヶ浦がある。

霞ヶ浦にはワカサギやシラウオ、コイやフナ、ウナギ等淡水魚類が数多く生息し、近年は、釣りを楽しむために県内はもとより、県外からも多くの人が訪れている。霞ヶ浦や河川の水質汚濁による水道水源の品質低下や宅地開発や農村の縮小による緑地の減少が起こっている。

また、土浦市の航空図を元に作成したクラスター分析によって土地の被覆状態を見ると、中心市街地にはほとんど緑がないことがわかる。このことから、里山や霞ヶ浦などの自然資源につながりがないということ、中心市街地では身近に自然を感じられない状況にあると言える。