市役所と上水道局での聞き取り調査を元に調査地区を決定した。その地域とは、つくば市西部（高野、上郷、谷田部、酒丸、吉沼、田倉、上里、小白硲、上横場）である。つくば市西部はほとんどの地域で上水道管の敷設が行われておらず、今でも多くの人が井戸水を利用している。その上、住民の井戸水に信頼をおいている。

ここでは１地区につき２〜３個のサンプルを採取した。各地区の水質状況を隅々まで知りたいと考え、地区の中で、できるだけ離れた場所をサンプリング地点とした。（硝酸性窒素の汚染範囲は約１ｋｍに広がると考えらてれる。つまり、検出された井戸の周囲１ｋｍには硝酸性窒素が広がっていると言える。よって、できるだけサンプリング地点を広くした。）